Sporo spekulacji budzi nadal zamach na Karola Wojtyłę, który miał miejsce 13 maja 1981 roku na Placu Świętego Piotra w Watykanie. Jedna z wersji zakłada, że papież mógł paść ofiarą spisku służb państw bloku komunistycznego.
Mehmet Ali Ağca, 23 lata, zawodowy zabójca. Tak się prezentuje zamachowiec, który musiał wymierzyć trzy strzały w stronę papieża. Dwa trafiły Jana Pawła II w brzuch, palec lewej ręki i prawy łokieć. Trzeci pocisk zablokował się w broni. Zawodowy zabójca myślał, że papież stał się kolejną jego ofiarą. Jednak się mylił. Jan Paweł II zwyciężył ze śmiercią. Po dwóch latach spotkał się ze swoim zamachowcem. Tak to później opisał:
„W ciągu całej rozmowy było jasne, że Alemu Ağcy nie dawało spokoju pytanie: jak to się stało, że zamach się nie powiódł? Przecież robił wszystko, co należało, zadbał o najdrobniejszy szczegół swego planu. A jednak Ofiara uniknęła śmierci. Jak to się mogło stać?”
4 września 1993 roku papież rozpoczął swoją pielgrzymkę na Litwie. Modlił się w Wileńskiej Katedrze, Ostrej Bramie, odwiedził Cmentarz Antokolski, Kowno i Górę Krzyży w Szawlach. Poza tym spotkał się z polską społecznością w kościele św. Ducha.
„Nigdy w życiu nie byłem w Wilnie. (…) Przez całe moje życie, przynajmniej od czasu, kiedy doszedłem do świadomości, stale byłem w Wilnie. Byłem w Wilnie myślą i sercem. (…)Jest to dla mnie szczególna łaska, łaska całej tej pielgrzymki (…)” – m. in. tak przemawiał do wiernych na Litwie.