Z możliwości, jakie daje projekt „Szkół Tysiąclecia”, skorzysta 150 z 1000 działających na Litwie szkół. Zdaniem krytyków tego programu, zmniejszy to szanse edukacyjne uczniów placówek, które nie zostaną do niego włączone. Zagrożone są m.in. działające w rejonach szkoły mniejszości narodowych.