Instytut Polonika przeprowadził pierwsze prace badawcze w kościele pw. św. Ducha w Wilnie, których wyniki można śmiało określić jako sensacyjne. Badaniami kierowali profesorowie z Uniwersytetu Kardynała Stefana Wyszyńskiego w Warszawie – Fabian Welc (Instytut Archeologii) oraz Anna Sylwia Czyż (Instytut Historii Sztuki).