Miasta tworzą sprzyjające warunki do rozprzestrzeniania się gatunków inwazyjnych – rośliny te szybko się rozmnażają, wypierają lokalną florę i zaburzają funkcjonowanie ekosystemów. W Wilnie największe zagrożenie stanowią: barszcz Sosnowskiego, nawłoć kanadyjska i późna, klon jesionolistny, łubin trwały i żółtlica drobnokwiatowa. W lasach i nad wodami intensywnie rozprzestrzenia się również niecierpek gruczołowaty. W 2025 roku stolica podejmuje aktywne działania: przy udziale naukowców opracowywane są plany zwalczania barszczu Sosnowskiego, nawłoci kanadyjskiej oraz inwazyjnego ślimaka – pomrowa hiszpańskiego. Usuwane będą także zarośla klonów jesionolistnych.