Poza logistycznym i organizacyjnym zapleczem Kongres Miłosierdzia to przede wszystkim czas głębokich przeżyć religijnych. Najlepiej widać to podczas wieczorów modlitewnych. Te spotkania wypełnia wspólny śpiew, uwielbienie oraz prelekcje zaproszonych gości. Uczestnicy podkreślają, że to dla nich wyjątkowy czas doświadczania bliskości Boga we wspólnocie.