Wielu jest zaniepokojonych pytaniem, czy koronawirus mutuje, czy staje się coraz bardziej niebezpieczny? Odpowiedzi na te pytania mogą ujawnić badania genomu wirusów. Naukowcy z Centrum Nauk Przyrodniczych Uniwersytetu Wileńskiego (VU GMC) przeprowadzili w tym tygodniu analizę genomów 15 izolatów wirusa krążących na Litwie i przesłali je do międzynarodowej bazy danych GISAID.
Inicjatorami projektu byli profesor VU GMC Aurelija Žvirblienė, genetyk Alma Gedvilaitė i bioinformatycy Albertas Timinskas.
A. Žvirblienė twierdzi, że bardzo ważne jest analizowanie zmian w wirusie, śledzenie dróg jego rozprzestrzeniania się.
"Wiele krajów prowadzi takie badania. Te prace też planowaliśmy od początku pandemii i staraliśmy się zdobyć na nie fundusze, pisaliśmy projekty. Niestety, nasze wysiłki odbiły się od ściany, nie zdobywając funduszy na ten projekt. Ale nie poddaliśmy się. Jesteśmy wdzięczni firmie Thermo Fisher Scientific Baltics, która zrozumiała znaczenie tego badania i zgodziła się przeprowadzić bezpłatne sekwencjonowanie genomu wirusa, a nasi koledzy z bioinfomatics złożyli cały genom. Prawdopodobnie jako jedyni na świecie wykonaliśmy tak trudną pracę bez żadnych funduszy".
Jak opowiada A. Žvirblienė, próbki wirusa były dostarczone z VU Santara Clinics Biobank. Próbki pobrano w Wilnie i na Wileńszczyźnie pod koniec maja, kiedy pandemia była już w pełnym rozkwicie. Naukowcy z Thermo Fisher Scientific Baltics wykorzystali swoją najnowszą technologię do sekwencjonowania genomu wirusa. Po zsekwencjonowaniu 15 wirusów genomowych uzyskano ponad 24 miliony fragmentów genomu, z których zebrano informacje o genomie.
Według A. Timinskasa, analizując genomy wirusa i profile występujących w nich mutacji, można prześledzić drogi rozprzestrzeniania się wirusa, określić powiązania zakażonego z ogniskami zakażenia, a nawet przewidzieć określone zagrożenia.
"Porównując genomy nowo zidentyfikowanych 15 wirusów z sekwencjami ponad 130 tysięcy genomów w bazie GISAID, zauważyliśmy, że niektóre sekwencje wirusów krążących na Litwie są unikalne - są oddzielone od najbliższych homologów aż dwoma lub więcej mutacjami. Pomimo tych różnic prawdopodobne jest, że w 12 przypadkach wirus był importowany z Anglii, w jednym przypadku z Włoch, w jednym z Rosji, a w innym genomie znaleźliśmy unikalną mutację, która prawdopodobnie wskazywała na pochodzenie wirusa z Oceanii lub Filipin".
A. Žvirblienė twierdzi, że bardzo ważne jest analizowanie zmian w wirusie, śledzenie dróg jego rozprzestrzeniania się.
"Wiele krajów prowadzi takie badania. Te prace też planowaliśmy od początku pandemii i staraliśmy się zdobyć na nie fundusze, pisaliśmy projekty. Niestety, nasze wysiłki odbiły się od ściany, nie zdobywając funduszy na ten projekt. Ale nie poddaliśmy się. Jesteśmy wdzięczni firmie Thermo Fisher Scientific Baltics, która zrozumiała znaczenie tego badania i zgodziła się przeprowadzić bezpłatne sekwencjonowanie genomu wirusa, a nasi koledzy z bioinfomatics złożyli cały genom. Prawdopodobnie jako jedyni na świecie wykonaliśmy tak trudną pracę bez żadnych funduszy".
Jak opowiada A. Žvirblienė, próbki wirusa były dostarczone z VU Santara Clinics Biobank. Próbki pobrano w Wilnie i na Wileńszczyźnie pod koniec maja, kiedy pandemia była już w pełnym rozkwicie. Naukowcy z Thermo Fisher Scientific Baltics wykorzystali swoją najnowszą technologię do sekwencjonowania genomu wirusa. Po zsekwencjonowaniu 15 wirusów genomowych uzyskano ponad 24 miliony fragmentów genomu, z których zebrano informacje o genomie.
Według A. Timinskasa, analizując genomy wirusa i profile występujących w nich mutacji, można prześledzić drogi rozprzestrzeniania się wirusa, określić powiązania zakażonego z ogniskami zakażenia, a nawet przewidzieć określone zagrożenia.
"Porównując genomy nowo zidentyfikowanych 15 wirusów z sekwencjami ponad 130 tysięcy genomów w bazie GISAID, zauważyliśmy, że niektóre sekwencje wirusów krążących na Litwie są unikalne - są oddzielone od najbliższych homologów aż dwoma lub więcej mutacjami. Pomimo tych różnic prawdopodobne jest, że w 12 przypadkach wirus był importowany z Anglii, w jednym przypadku z Włoch, w jednym z Rosji, a w innym genomie znaleźliśmy unikalną mutację, która prawdopodobnie wskazywała na pochodzenie wirusa z Oceanii lub Filipin".
źródło: JZ /ELTA, fot. BNS/Tomas Markelevičius/ 15min. lt
Więcej na ten temat
